Professeur émérite de santé publique, le Pr Jean-Michel Chabot a été secrétaire de la conférence des Doyens de médecine de 1998 à 2002 puis conseiller du ministre de la Santé Jean-François Mattéi de 2002 à 2004, pour les questions de démographie professionnelle et de qualité du système de soins.
De 2010 à 2017, il a été conseiller médical de la Présidence de la HAS et membre de la Commission nationale des études de santé (CNES).
Il est membre permanent du Comité Scientifique du Guide Santé.